画稿溪国家级自然保护区地处四川盆地与云贵高原过渡地带,在植物区系的划分上又处于泛北极植物区和古热带植物区的汇集和分界地带,植物多样性很高,地理成分十分复杂。
植物区系地理成分复杂和古老性强,为该区的另一特征。在中国植物区系地理成分中,画稿溪自然保护区的植物区系含盖了所有15个分布区类型。据该地区分布的580个种子植物属分析,属于热带成分为295属,占分析属总数的51%,温带成分的有219属,占分析属总数的38%,世界广泛分布的属在该地区有47属,占分析属总数的8%;中国特有分布类型在保护区内有19属,占分析属总数的3%。经比较看出,画稿溪自然保护区种子植物属的分布区类型总体上同云南、贵州的一些地区一致,处于中国中亚热带和南亚热带植被类型的结合部,具有明显的过渡性特征,植物区系成分极为复杂多样。
画稿溪国家级自然保护区典型生境为山地常绿阔叶林,同时受气候、水热条件和地形地貌以及其他自然和人为因素的长期影响,形成类型丰富多样的生境及微生境,总体上看整个生态系统结构复杂,功能较为稳定。
复杂多样的生境为各种类群物种的生存提供了适宜的生态位。据2002年调查,自然保护区已知高等植物有231科、708属、1583种,其中种子植物为157科、580属、1400种。属国家一级重点保护的有4种,二级重点保护的有10种,三级重点保护的有10种,分别是:金花茶、杪椤、银杏、秃杉、水杉、金钱松、福建柏、鹅掌楸、峨眉含笑、水青树、杜仲、木瓜红、香果树、伯乐树、厚朴、桢楠、银叶桂、红豆树、野大豆、黄连、青檀、梓叶槭、八角莲等。