近两年来,随着旅游开发的迅猛发展,库区上游城市、工厂的污水排放,大量渔业养殖的盲目泛滥等,对万峰湖生态造成严重破坏,水体富营养化程度日趋严重,总氮平均超标2倍~3.8倍,总磷平均超标2.6倍~11.4倍,氨氮平均超标7.9倍。水体富营养化造成有害水生植物迅速繁殖,从鲁布革电站出口以下和万峰湖鲁布革码头以下,有水葫芦、水浮莲,往日秀美怡人的湖光山色已被一些绿色的污染物所代替。